玩家可以捕捉到大部分神兽，但并非所有神兽都能在单机模式下直接获取。游戏内部分神兽需要特定条件触发或通过事件解锁，而少数神兽则无法在原始版本中捕获。
火红版本中可捕捉的神兽包括急冻鸟、闪电鸟、火焰鸟、超梦等传统神兽。急冻鸟位于双子岛最深处，需通过推岩石阻挡瀑布急流才能进入其栖息地。闪电鸟出现在无人发电厂，火焰鸟则固定在火焰山山顶刷新。超梦需在华蓝洞窟最深处遭遇，等级较高且挑战难度较大。这些神兽的捕捉需要玩家具备足够的战斗准备和精灵球储备。
部分神兽的捕捉涉及复杂的地图机制或剧情推进。冰神柱出现在双子岛的滑冰场区域，需通过特定滑行路径触发；洛奇亚需乘坐飞机前往第八座彩虹岛右下角草坪，等级约80级且对队伍强度要求较高。吉拉奇隐藏在幽灵塔顶端，需通过暗器机关和层层关卡才能到达。这类神兽的分布位置和触发条件往往需要玩家反复探索或查阅攻略。
部分神兽如雷公、炎帝、水君等仅在特定条件下随机出现。雷公在击败四大天王后可能于关东地区草丛中遭遇，但出现概率较低且无固定位置。迪奥西斯需在第九座彩虹岛完成拼图后出现，等级仅为30级但捕捉流程繁琐。这类神兽的获取方式更依赖玩家的耐心和运气。
游戏内存在少数无法通过正常途径捕捉的神兽，如部分幻兽或特殊活动神兽。这些精灵通常需要通过联动活动或特殊配信获得，而火红版本的单机模式并未开放相关渠道。若以全图鉴收集为目标，玩家需了解这一限制。火红版本的神兽捕捉系统设计兼顾了探索乐趣与挑战性，但并未完全开放所有神兽的获取途径。
