要进入千门虚舟秘境，首先需要完成前置任务神樱大祓中的荒海部分。在荒海大祓任务区域附近，可以找到一个雷立方机关，解谜方法是让所有雷立方的花瓣面朝向同一方向。成功破解后，水位会下降，露出通往地下的通道。进入通道后，游至传送锚点方向并解锁机关门，恒常机关阵列附近的空气墙会消失。
完成上述步骤后，返回恒常机关阵列所在区域，沿着藤条攀爬至顶部平台。此处会出现两个方块迷阵机关，需要按照一笔画规则解谜，即从起点不回头地走完全部格子。第一个迷阵需按特定顺序踩亮所有格子，第二个迷阵同样遵循类似逻辑。解谜过程中需注意发蓝光的格子必须最后触发，否则机关会重置。
成功解开两个迷阵后，秘境入口的巨石会炸开，千门虚舟秘境大门将显现。进入秘境后，跳入中央的洞窟，会看到左右两扇可移动的门。建议先推开左侧门获取第一块勾玉，随后返回原处进入右侧门。穿过右侧门后绕过墙壁直行，可找到第二块勾玉，位于屏风后方。第三块勾玉需在返回途中进入新场景，推开特定门后于木板下方触碰获取。
集齐三块勾玉后，返回最初的大门处解锁封印，进入最终挑战房间。击败房间内的两名魔物即可完成秘境挑战。该秘境为一次性奖励副本，通关后可获得原石、雷之印等奖励，雷之印可用于提升神樱眷顾等级。整个流程需注意机关解谜的顺序和战斗时的元素反应搭配，合理利用角色技能可提高效率。
