三人小组的战术搭配是核心玩法之一。每个小组通常由输出、控制和辅助三种角色构成，这种结构源自原作中木叶隐村的忍者小队编制理念。医疗忍者的存在大幅提升了团队生存能力，而主攻手与副攻手的配合则能形成高效的追打连击体系。三人协作不仅能弥补个体弱点，还能通过技能联动发挥最大战力。
输出型忍者通常拥有高爆发伤害或持续输出能力，擅长在短时间内击败敌人。这类角色往往依赖查克拉消耗型技能，例如螺旋丸或千鸟，需合理分配资源以避免战斗中期乏力。控制型忍者则通过定身、倒地等异常状态限制对手行动，为队友创造输出环境。部分控制技能还附带查克拉干扰效果，能打乱敌方节奏。
辅助角色在团队中承担治疗、增益和驱散职责。医疗忍者的治疗奥义能及时恢复队友血量，部分辅助技能可清除不良状态或提供查克拉回复。某些特殊辅助还能召唤分身或傀儡吸引火力，有效保护核心输出。辅助型忍者的存在使得团队具备持久作战能力，尤其在消耗战中价值显著。
战术搭配方面，经典组合包括主攻手负责核心输出，副攻手进行补刀与控场，医疗忍者维持团队状态。追打系统的设计鼓励玩家研究忍者间的技能衔接，例如通过击飞触发队友的空中追击。属性克制机制则要求根据敌方阵容调整小队成员，火遁忍者应对风遁敌人时能造成额外伤害。
多次协同作战可熟悉队友的战斗节奏，优化技能释放时机。语音沟通能及时调整战术，尤其在面对高难度副本时更为重要。合理的查克拉分配与奥义轮转需要长期配合才能达到最佳效果，这也是游戏深度玩法的重要体现。
