火影忍者手游佩恩入侵副本对忍者选择有较高要求，推荐优先使用技能范围广且输出稳定的忍者，如秽土三代、照美冥、奇拉比等。这类忍者能高效清理人偶和保护村民，尤其在面对畜生道召唤的翼龙通灵兽时，土流壁秘卷的合理运用至关重要。高爆发忍者能快速处理多目标，为团队争取更多救援时间，同时降低因输出不足导致的任务失败风险。
佩恩入侵分为多个阶段，不同阶段需针对性调整策略。第一阶段以救援村民为主，建议选择具备群体攻击能力的忍者；第二阶段需击败修罗道、畜生道和小南，高输出忍者更为关键；第三阶段应对地狱道和饿鬼道时需注意机制，如饿鬼道被蓝色泡泡包裹时需停手避免其回血。最终对抗天道需先破坏五根立柱，团队应协调技能释放节奏，避免因同时开大触发天道的小神罗天征造成减员。
团队配置建议包含至少两名高战力核心输出，其余成员可选择辅助型或控制型忍者。水影照美冥在修罗道和小南关卡中表现突出，其技能组合能有效牵制敌人。低战力玩家可专注救援任务，利用X轴居中站位配合秘卷同时解救两名村民以提升效率。团队需明确分工，高战队伍主攻BOSS，其余成员持续压制查克拉值至50%以下再集中火力应对天道。
面对天道的神罗天征时，需提前预判红线提示并保持Y轴移动。四肢重封印秘卷能有效限制佩恩行动，但需注意其覆盖范围达半个屏幕。建议在敌人释放封印秘卷时通过走位诱导，避免被控后陷入被动。合理利用土流壁抵挡直线攻击，在清理立柱阶段优先处理边缘目标以减少走位损耗。
